中华原创医学是指以东方文明整体观为指导建立的医学知识体系，既有别于建立在西方文明还原论为基础的西方医学，也有别于近年来以西方还原论为指导经改造后的“中医”。故冠之“原创”以示区别。
如前所述，人与宇宙密切相关，是个如同宏观宇宙般复杂的小宇宙，包含了作为系统的全部属性。中医理论还认为人体是具有适应性调节能力的自稳态系统，这种适应性协调功能源于内部的自组织能力。这种自组织能力“心”或“神”与生命的物质基础（“形”）构成人体生命的两大要素（示意如图2）。正常情况下，心和身都应该全面健康且全面协调，这就是“正”（古时“正”和“证”同义）。虽然“神”“形”同为构成人体生命的要素，然而地位却不相同。相对于人体的物质结构（形）而言，构成人体生命的自组织能力却更重要。中医的诊断学和治疗学正是围绕着自组织能力（神）的变化而展开。所谓“辨证”实为“辨正”。即，辨别患者自组织能力偏离正常状况——“证”的方向与程度。“施治”的标准也以整个系统或者说主要以“神”的得失为依据。作为鲜明对照，以还原论为基础的西方医学诊断学强调“致病因子”的物质确定为依据，而治疗学则以致病因子的消除为终结。其简要示意如图3。
比较图2与图3，不难看出：东方医学的特点是将人体生命视为系统，擅长对系统的信息结构进行综合；西方医学将人体视为物质的“邦联”，细胞的“邦联”，基因的“邦联”，精于对系统的物质成份及其结构进行分析。
其实，无论是东方医学所持之整体论抑或西方医学所持的还原论，原本都是人类认识自然和认识自我的历史财富，不应厚此而薄彼。更不应用此论的价值观去褒贬彼论的得失。
早在三千年前，老子就说过：这两者（即道德第一章“恒有欲”和“恒无欲”之法）在认识客观世界方面均很灵验（二者同曰“玄”）。如果研究者能将这两种方法有机地结合（玄之又玄），就能更深刻地认识客观世界的本质（众妙之门）。然而，近三百年来，由于历史原因，逐渐形成今日还原论在“朝”、整体论在“野”的局面。随着西学的东渐，人们对还原论的认识由崇拜而迷信，直至将其推上“科学警察”、“行动指南”的无上地位。凡符合“还原论”思维的即为科学，否则即为“不科学”、“伪科学”。
这种态势，不仅对以整体观为基础的中华原创医学健康发展十分不利，而且对整个科学领域的创新活动也是个障碍。半个世纪以来，新中国科学创新发展势头，在关键时刻屡遭挫折均与此种陈旧科学观挡道有关。
如果说，半个世纪前我们曾因迷信西方而盲目地将牛顿时代的旧科学观视为审判中华原创医学得失之审判庭尚属情有可原的话，那么，当我们在党中央领导下意气风发地步入复兴中华文明的伟大时代，却仍然坚持这种旧观念，势将严重阻碍中国的科学进步与发展。中医作为硕果仅存的原创系统知识体系，最有希望成长为当代科学创新的生长点。因此，解脱多年来强加在她身上沉重的还原论枷锁桎梏具有战略意义。
